Il existe de nombreux types d’indigo dans le monde. Au Japon, l’indigo des montagnes (Mercurialis leiocarpa Sieb. et Zucc. ) était le représentant d’origine de l’indigo.
De nos jours, beaucoup d’indigo de type Persicaria tinctoria est cultivé. Il a été introduit par l’océan Indien vers le 6ème siècle et est maintenant cultivé dans plusieurs régions aujourd’hui, dont la préfecture de Tokushima, Hokkaido et la préfecture d’Aomori.